1974年熊本県生まれ。京都造形芸術大学美術学科日本画コース卒業。在学中の1999年より「ニッポン画」を提唱。これは日本の古典絵画の技法や形式を用いながら、現代の風俗をユーモアとパロディを交えて表現する独自の絵画概念で、「日本の今の状況を端的に表すこと」「古典絵画の技法を使うこと」「諧謔をもって描くこと」を三つの柱としている。
2007年、日本画家として初めてVOCA賞を受賞し、国内外から注目を集める。2015年京都府文化賞奨励賞受賞。その作風は現代の琳派とも評され、伝統と現代を融合させた表現で高く評価されている。
2013年から2018年まで秋田公立美術大学准教授、2018年から2022年まで京都芸術大学准教授を務め、現在は京都美術工芸大学教員。高島屋をはじめ全国各地で個展を開催し、2025年には「ニッポン画25周年記念 山本太郎展 ニッポン画エクスポ2025」を開催予定。著書に『ニッポン画物見遊山』などがある。